Фамилия Плохотин — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована не от имени или профессии, а от прозвища, данного по качеству или состоянию. В основе лежит прилагательное «плохой» в значении «нехороший, дурной, негодный». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Плохотин буквально означает «сын Плохого» или «человек из семьи Плохого».

Прозвище Плохой в старину давали не обязательно злому или никчемному человеку. Часто так называли детей с трудным характером, слабым здоровьем или просто невезучих. В крестьянской среде существовала и охранительная традиция: нарекали ребенка Плохим, чтобы отвести от него сглаз и злые силы — считалось, что «плохое» имя сделает его незаметным для нечисти. Сын такого человека и становился Плохотиным.

По словообразовательной модели фамилия Плохотин стоит в одном ряду с Добротиным, Худотиным, Молотиным. Ударение в ней, скорее всего, падает на последний слог (Плохотин), как и в большинстве фамилий на -ин. Встречаются варианты написания с одной «о» в корне (Плотин), но это редкие искажения, которые не меняют смысла.

Географически фамилия Плохотин распространена неравномерно. По данным переписей и телефонных справочников, чаще всего она встречается в Вологодской, Кировской и Архангельской областях — на Русском Севере, где хорошо сохранились древние прозвищные фамилии. В центральных и южных регионах она редка.

В дворянских родословных книгах Плохотины не значатся. Это фамилия крестьянского и мещанского происхождения. Её носители в XIX веке были преимущественно государственными крестьянами, ремесленниками или мелкими торговцами. Никаких выдающихся исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для прозвищных фамилий «низового» слоя.