Фамилия Плохотина — женская форма, а её мужской вариант Плохотин. В основе лежит прозвище Плохота, и здесь важно не обмануться созвучием с прилагательным «плохой». В русских говорах слово «плохота» имело иное значение — «слабость, хворь, немощь». Так могли прозвать болезненного, тщедушного человека или, напротив, дать имя с охранительным смыслом: чтобы злые силы не трогали того, кого уже «плохим» назвали. В старину такие имена-обереги (Некрас, Нелюб, Плохой) давали детям, чтобы отвести от них настоящую беду.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Плохотин — «сын Плохоты» или «человек из семьи Плохоты». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а. Мужская фамилия Плохотин склоняется как обычное притяжательное прилагательное, женская Плохотина — соответственно.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным глаголом «плохотать» — работать кое-как, небрежно. В этом случае прозвище мог получить нерадивый работник. Но ономасты чаще склоняются к первому толкованию — через охранительное имя или прозвище по физическому состоянию.

Фамилия редкая, встречается в центральных областях России и на Урале. В документах XVII века упоминаются крестьяне Плохотины в Пермском крае, что подтверждает её давнее бытование в северных и приуральских землях. В дворянских родословных книгах фамилия не отмечена — носители были в основном крестьянами и посадскими людьми.

Однокоренные фамилии — Плохов, Плохин, Плоханов — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. Плохотин стоит особняком благодаря архаичной основе на -ота, что роднит её с такими фамилиями, как Доброта или Быстрота, где прозвище описывало не оценку, а свойство или состояние человека.