Фамилия Плохотной — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не имеет очевидного негативного смысла, несмотря на корень «плох». Всё дело в суффиксе и в том, как в русских говорах работала оценочная лексика. Перед нами типичная фамилия на -ой (ударное окончание, как у Толстой, Блажной), которая в современном языке почти вытеснена формой на -ый. Сейчас мы бы скорее ждали Плохотный, но историческое написание сохранило старую, «полную» форму прилагательного.

Корень — «плох-» (от общеславянского *plochъ — «слабый, негодный, дурной»), но суффикс -от- меняет значение. В русских фамилиях и прозвищах суффикс -от(а) часто образует отвлечённые существительные со значением качества: доброта, красота, нищета. Однако в прилагательных типа плохотный он придаёт оттенок непостоянного, ситуативного признака: не «плохой по природе», а «склонный к плохим поступкам, ненадёжный, шаткий». В диалектах слово «плохотной» могло означать «ненадёжный человек» или «тот, кто часто болеет, хилый» (сравните с «плохой» — слабый здоровьем).

Географически фамилия Плохотной привязана к южнорусским и украинским землям, особенно к Воронежской, Курской, Белгородской областям и востоку Украины. Там суффикс -от- в прозвищах был продуктивнее, чем в северных говорах. Среди однокоренных фамилий — Плохов, Плохин, Плохотников, Плохотнюк. Последняя, кстати, образована по украинской модели с суффиксом -ук, что подтверждает малороссийский след.

Версия о происхождении от слова «плохота» (бедность, невзгода) — возможна, но менее вероятна: прозвища обычно давали по конкретному качеству человека, а не по абстрактному состоянию. Скорее всего, первый носитель получил прозвище Плохотной за непостоянный, вздорный нрав или за слабое здоровье — в крестьянской среде такие меткие характеристики давали без злого умысла, просто как факт.

Фамилия не относится к дворянским: суффикс -ой в сочетании с корнем «плох» характерен для крестьянской и казачьей среды. В ревизских сказках XIX века Плохотные встречаются среди государственных крестьян и однодворцев южных губерний. В советское время фамилия не исчезла, но осталась локальной и немногочисленной.