Фамилия Плохотенко образована от прозвища Плохота, и у этого прозвища есть две основные версии происхождения. Первая связывает его со словом «плахата» — так в разных русских говорах называли предметы женской одежды: в курских — юбку или поневу, в тверских — золототканый платок, в новороссийских — шерстяной платок, который женщины оборачивали вокруг пояса. Если придерживаться этой версии, то прозвище Плохота мог получить портной, торговавший женской одеждой, или человек, который такую одежду изготавливал. Чередование гласных а/о здесь объясняется историческими изменениями в языке и влиянием северных, «окающих» говоров.

Вторая версия ведет к украинскому диалектному слову «плохута» — так называли несмелого, робкого человека. В этом случае основатель рода Плохотенко мог получить прозвище за свой нерешительный характер. Чередование у/о в корне также укладывается в рамки исторических фонетических процессов, так что обе версии лингвистически состоятельны.

Фамилия построена по типичной для украинских и южнорусских земель модели: к основе Плохота добавлен патронимический суффикс -енко, который изначально означал «сын такого-то». То есть Плохотенко — буквально «сын Плохоты». Такая модель была особенно распространена в левобережной Украине и на юге России, где фамилии на -енко фиксировались с XVI–XVII веков и со временем стали передаваться по наследству как родовые имена.

Интересно, что прозвище Плохота, которое сначала присоединялось к наследственному имени, со временем полностью вытеснило его и в повседневном обиходе, и в официальных документах. Подобная практика была обычной: прозвища часто приживались прочнее крестильных имен, особенно если человек был известен в округе именно под этим прозвищем.

Стоит отметить, что фамилия Плохотенко не имеет отношения к слову «плохой» в его современном негативном значении. Даже если в основе лежит «плохута», речь идет о характеристике характера, а не о качестве человека как таковом. В любом случае, носитель фамилии может выбирать ту версию, которая ему ближе: предок-ремесленник, связанный с тканями и одеждой, или предок с тихим, осторожным нравом. Обе версии имеют право на существование, и обе дают представление о том, каким был человек, давший начало этому роду.