Фамилия Плохотнюков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений, а вот суффикс выдаёт необычную модель образования. Разберёмся по порядку.

Основа здесь — слово «плохотня» или «плохотный». В русских говорах «плохотня» означала нечто негодное, дрянь, хлам, а также бедность или скудость. Человек по прозвищу Плохотня — скорее всего, нерадивый хозяин, бедняк или тот, кто вечно жаловался на жизнь. Однако не стоит спешить с обидными выводами: в народе прозвища часто давали «от противного» или с иронией, так что Плохотнёй могли называть и человека с тяжёлой судьбой, и просто неряшливого мужика.

Самое интересное — суффикс. Если бы фамилия образовалась по стандартной схеме от прозвища Плохотня, мы бы получили Плохотнин или Плохотнев. Но здесь стоит редкий формант -юков, который характерен для украинской и южнорусской ономастики (сравните: Коваль — Ковалюк, Швець — Шевчук). Выходит, что исходная форма — Плохотнюк, то есть «сын Плохотни» или «маленький Плохотня». А уже к ней добавили русский патронимический суффикс -ов, что указывает на адаптацию фамилии в великорусской среде. Такая двойная суффиксация — признак того, что предки носителей фамилии жили на стыке культур: скорее всего, на границе современных Украины, Белгородской или Воронежской областей.

Географически фамилия действительно тяготеет к югу России. Встречается она редко, что тоже подтверждает её локальное происхождение — от одного прозвища в конкретной местности. Сословного барьера у неё не было: Плохотнюковы могли быть и крестьянами, и казаками, и мещанами. Разве что в дворянские родословные книги такую фамилию вряд ли вписывали — прозвище слишком «низовое» для гербовой бумаги.

Из однокоренных родственников можно назвать фамилии Плохотнюк (без русского суффикса) и Плохотников — более прозрачную по смыслу, от слова «плохотник» (бедняк, неудачник). Но именно Плохотнюков сохранил память о том, что прозвище было настолько устойчивым, что перешло сначала в украинскую «сыновью» форму, а затем обрусело окончательно.