Фамилия Плохотнова — женская форма фамилии Плохотнов, и разбирать её стоит именно через мужской вариант. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Плохотной. Корень здесь — «плох-», но не в современном значении «нехороший», а в древнерусском, где «плохой» означало «простой», «невидный», «слабый телом» или даже «неудачливый». Суффикс «-отн(ой)» — редкая словообразовательная модель. В русских фамилиях она встречается нечасто и обычно указывает на качество или свойство человека: например, Худотной (от «худой» — тощий, бедный), Долготной (от «долгий»). Плохотной — это не просто «плохой», а «тот, кого характеризует постоянная плохость»: слабый здоровьем, невезучий, небогатый. Такие прозвища давали не в обиду, а по-свойски, для точного узнавания человека в деревне.

Фамилия Плохотнов (и Плохотнова) — относительно редкая. Географически она тяготеет к центральным и южным областям России, встречается в документах по Тульской, Рязанской и Воронежской губерниям. Это указывает на крестьянское или однодворческое происхождение: однодворцы — особая группа мелких землевладельцев, живших на южных рубежах государства. У них часто бытовали прозвищные фамилии, которые фиксировались в переписных книгах XVII–XVIII веков.

Если смотреть на суффикс «-ов», то фамилия образована по патронимической модели: Плохотнов — сын Плохотного. То есть родоначальника звали Плохотной, а его дети и внуки стали Плохотновыми. Важно не путать с фамилией Плохотников: там другой суффикс («-ник»), означающий «человек, связанный с предметом или действием», а здесь — чисто качественная характеристика.

Встречается и вариант написания Плохотнева, но он менее распространён и может быть результатом аканья или ошибки писаря. Основная форма — через «о» в суффиксе: Плохотнов. Носительницы фамилии Плохотнова могут быть уверены: их фамилия — не про «плохого человека» в сегодняшнем смысле, а про древнее прозвище, которое отражало житейскую наблюдательность предков.