Фамилия Плохушкин — редкий случай, когда основа прозвища лежит на поверхности, но её значение не стоит понимать буквально. В основе лежит прилагательное «плохой», однако в русских говорах и в древнерусском языке у этого слова был более широкий и не всегда отрицательный смысл. «Плохой» могло означать «простой», «неказистый», «незаметный», а иногда даже «слабый здоровьем» или «неудачливый». Человек по прозвищу Плохушка — это не обязательно негодяй или лентяй, скорее тот, кого так окрестили за скромность, невзрачную внешность или, возможно, за «плохую» долю.

Словообразовательная модель фамилии — суффикс -ин, который присоединяется к основе, оканчивающейся на -а. В данном случае основа — прозвище Плохушка. Суффикс -ушк- (с уменьшительно-ласкательным или, наоборот, пренебрежительным оттенком) в русских прозвищах встречается часто: Малышка, Голубушка, Худышка. Фамилии на -ин традиционно образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я: Плохушкин буквально означает «сын Плохушки». Это типичная «патронимическая» модель, распространённая в северных и центральных областях России.

Прозвище Плохушка могло закрепиться за человеком по разным причинам. В северных говорах, например, слово «плохой» иногда употребляли в значении «тихий», «смирный», «незлобивый». В таком случае Плохушкин — потомок не «плохого» в современном смысле, а скорее кроткого или неконфликтного человека. Другая версия связана с «плохой» работой: прозвище мог получить нерадивый работник, но это лишь одно из возможных объяснений, и не самое частое.

Фамилия Плохушкин — одна из тех, что не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов. Это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в бытовой среде. Её носители в XIX веке встречались в основном в Вятской и Пермской губерниях, что подтверждает её севернорусское происхождение. Встречаются и варианты написания — Плохушкин, реже Плохушкын, но это скорее ошибки переписчиков.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Плохов, Плохотников, Плохушко — показывает, что Плохушкин стоит особняком именно благодаря суффиксу -ушк-, который придаёт прозвищу оттенок бытовой, почти ласковой характеристики. Если Плохов — это просто «сын Плохого», то Плохушкин звучит более конкретно, как прозвище конкретного человека в деревне, которого так и звали в обиходе.