Основой фамилии Плохушко послужило мирское имя Плохуша. Фамилия Плохушко образована от так называемого «охранительного» имени Плохуша. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Плохушей. Согласно другой, менее правдоподобной версии, в основе фамилии лежит прозвище Плохуша, которое могли дать человеку с дурным характером, вредными привычками и т.д. Имена с корнем «плох» встречаются в документах XV-XVII вв.: Плохой, холоп, 1495, Новгород; Плохой Васильев сын Конков, землевладелец, около 1500; Плохой Никифорович Васильев, 1521, Галич. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Плохуша, со временем получил фамилию Плохушко.