Фамилия Подабаев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с ремеслом или внешностью, а с манерой поведения и говором. Её ядро — глагол «подабать», который в русских говорах (особенно северных и сибирских) означал «подобать», «приличествовать», «быть к лицу», а также «ладить», «угадывать», «попадать в такт». Человек, получивший прозвище Подабай, — это тот, кто умел вести себя к месту, знал обычаи, был «подобен» обстановке, или, напротив, тот, кто постоянно «подабал» — поддакивал, подстраивался под других.

Суффикс -ев указывает на патронимическое происхождение: Подабаев буквально значит «сын Подабая». Модель образования типична для русских фамилий, но основа встречается редко. В отличие от фамилий на -ов, где ударение часто падает на последний слог, ударение в Подабаев, скорее всего, стоит на третьем слоге — Подаба́ев, что тоже косвенно подтверждает происхождение от полного прозвища, а не от усечённой формы имени.

Интересно, что в некоторых говорах слово «подабать» имело ироничный оттенок — «делать вид, что подобаешь», то есть притворяться, лицемерить. Поэтому нельзя исключать, что прозвище дали не уважаемому человеку, а, наоборот, льстецу или приспособленцу. В любом случае, фамилия хранит в себе оттенок социальной оценки — того, как человека воспринимали в общине.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, но из-за редкости её трудно привязать к одному региону. В дореволюционных источниках Подабаевы встречаются в основном среди крестьян и мещан — это ещё один аргумент в пользу прозвищного, а не «дворянского» происхождения. В отличие, скажем, от фамилии Подобаев (от того же корня, но через церковнославянскую форму), Подабаев сохранил народное, диалектное звучание.