Фамилия Подгайняя — одна из тех, что сразу выдают западнославянское или украинское происхождение. Её основа — слово «гай», то есть небольшой лиственный лес, роща. Приставка «под-» указывает на расположение: «под гаем», у опушки. Таким образом, прозвище Подгайный получал человек, живший на краю леса или рядом с рощей. Фамилия образована по типичной для украинских фамилий модели: прилагательное женского рода с окончанием -яя (в мужском варианте — Подгайный). Такое окончание характерно для фамилий, которые в исходной форме были прилагательными и согласовывались с определяемым словом (например, «хата Подгайняя»).

Мужской вариант фамилии — Подгайный, женский — Подгайняя. В русском языке при склонении женская форма часто остаётся неизменяемой, хотя по украинской традиции она склоняется как прилагательное (Подгайней, Подгайнюю). Встречается также вариант написания с двумя «н» — Подгайняя, но он менее распространён и, скорее всего, возник под влиянием фамилий на -енко или из-за ошибок в документах.

Географически фамилия тяготеет к западным и центральным регионам Украины — Волыни, Подолью, Киевщине, а также к югу Беларуси. В России она редка и, как правило, принадлежит потомкам переселенцев из этих земель. Интересно, что в польском языке есть фамилия Podgajny с тем же значением, и её носители могли оказаться в Российской империи после разделов Речи Посполитой, что добавляет ещё один возможный путь появления фамилии.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: корень «гай» (роща) + приставка «под» + окончание прилагательного. Никаких редких суффиксов или спорных морфем здесь нет, что делает этимологию фамилии одной из самых надёжных среди топонимических прозвищ. Предок носителя фамилии, скорее всего, был крестьянином или мелким землевладельцем, чей дом стоял у леса, и это обстоятельство закрепилось в родовом имени.