Фамилия Подголина — женская форма мужской фамилии Подголин. В основе лежит прозвище Подгола, которое, скорее всего, относилось к человеку с особенностью внешности или поведения. Корень здесь — «гол-», связанный со словами «голый», «голь», «голец». Приставка «под-» указывает на положение рядом, снизу или на неполноту признака. Таким образом, Подголой могли назвать того, кто ходит почти без одежды, бедно одет, или же человека с редкими волосами, «подлысого». В говорах слово «подголый» могло означать нечто оголённое наполовину.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин принадлежит к патронимическому типу и указывает на принадлежность. Подголин — буквально «сын Подголы», то есть потомок человека с этим прозвищем. Окончание -а в женском варианте — стандартная грамматическая форма.

Фамилия редкая, её географическая привязка слабая. Встречается в основном в центральных и северных областях России, где были распространены прозвища, образованные от просторечных прилагательных. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с прозвищем Подголый — это указывает на простонародное происхождение фамилии, без дворянских корней.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к слову «глина» или «голень», как может показаться на первый взгляд. Ошибки в написании («Подголин» через «а» или с двойной «л») встречаются, но исходная форма — с одной «л» и буквой «о» в корне. В ономастических справочниках фамилия не фиксируется как широко распространённая, что делает её ценной для локальной генеалогии.