Фамилия Подгорненский звучит так, словно за ней стоит целая география, и это действительно так. Её основа — «под горой» — указывает на место жительства: предок носителя фамилии жил у подножия возвышенности, в низине рядом с горой. Такие «топографические» фамилии особенно характерны для южнорусских и украинских земель, где рельеф более выражен, а села часто называли по их положению.

Ключевая особенность — суффикс -ский. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, которые давались по имени отца или прозвищу, фамилии на -ский в XVIII–XIX веках часто получали выходцы из духовенства. Семинаристам нередко меняли бытовые фамилии на «благородные», образованные от названий церквей, сёл или местностей. Так Подгорненский мог появиться у выпускника духовной семинарии, взявшего фамилию от родного села Подгорное, Подгорный или Подгорье — таких сёл и хуторов множество на юге России, в Поволжье и на Украине.

Впрочем, есть и более прозаичная версия. В крестьянской среде фамилию могли дать по прозвищу «Подгорный» — человеку, чей дом стоял под горой. А уже потом, при переписях или переходе в другое сословие, прозвище переоформили в «панскую» форму на -ский. Такую «элитарную» приставку нередко добавляли, чтобы фамилия звучала солиднее, особенно если предок выбивался в купцы или мещане.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Подгорный, Подгорецкий, Подгорнов — показывает, что Подгорненский стоит особняком. Вариант с двойным суффиксом (-н- и -ск-) встречается реже: он указывает, что основа — не просто «под горой», а именно от названия населённого пункта на -ное (Подгорное → Подгорненский). То есть это фамилия не по признаку местности, а по имени села, где жил род.

Встречается фамилия в основном в центральных и южных областях России, а также в Беларуси. Носители Подгорненских, скорее всего, потомки либо сельских священников, либо крестьян из сёл с «говорящим» названием, которые при получении паспортов в XIX веке закрепили за собой эту звонкую и редкую форму.