Фамилия Подкоытова, на первый взгляд, кажется редкой и не сразу поддаётся разбору. Её основа — не очевидное ремесло или имя, а, скорее всего, прозвище, связанное с действием или бытовой ситуацией. Слово «подкоыт» (или «подкойт») в русских говорах могло означать человека, который подкапывает, подрывает — возможно, в прямом смысле (землекоп, копатель) или в переносном (тайный вредитель, подкапывающийся под чужое благополучие). Однако более правдоподобная версия отсылает к диалектному глаголу «подкоытить» — сделать подкоп, подвести мину, что в крестьянском быту могло относиться к строительству погреба или рытью канавы.

Суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный. Женская форма Подкоытова — это притяжательное прилагательное, означающее «дочь или жена Подкоыта». Мужской вариант фамилии — Подкоытов, который встречается чаще. В говорах возможны и другие написания, например, Подкоитов, что связано с нестабильностью гласных в безударной позиции.

Географически фамилия редкая и не имеет широкого распространения. Её можно встретить в центральных и южных областях России, особенно в тех регионах, где были развиты земляные работы или горное дело, но точных данных о концентрации нет. В ономастических справочниках, например, в работах Б. Унбегауна, подобные фамилии с корнем «коп-/кап-» часто относят к прозвищам по действию, но «Подкоытова» стоит особняком из-за редкого суффикса -ыт-.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Подкопаев, Подкопный — показывает, что основа «подкоыт» нестандартна. Возможно, в ней сохранился диалектный вариант слова «подкоп», где «к» перешло в «т» под влиянием местного произношения. Таким образом, предки носителя фамилии могли быть либо землекопами, либо людьми с хитрым, «подкапывающим» характером. Спорных версий здесь немного, и самая слабая — связь с тюркским корнем «койт» (пастух) — не выдерживает критики, так как суффикс -ов- указывает на славянское происхождение.