Фамилия Подлинная — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений, а не превратилось в Подлинников или Подлиннов. Слово «подлинный» в значении «истинный, настоящий» известно с древнерусских времён, но как личное прозвище оно могло закрепиться за человеком по нескольким причинам. Самая прямая версия — прозвище Подлинный давали честному, прямому человеку, который не лгал и не лукавил, то есть «подлинному» в нравственном смысле. Однако в русских говорах у слова были и другие оттенки: «подлинный» могло означать «коренной, исконный», и так могли прозвать старожила или человека, родившегося в данной местности, в отличие от пришлого.

Форма Подлинная — это женский вариант фамилии, который в русской традиции закрепился за женщинами, если фамилия мужа или отца была Подлинный. Такое окончание характерно для притяжательных фамилий на -ов/-ев, -ин, которые склоняются как прилагательные. В данном случае суффикс -н- указывает на прилагательное, образованное от существительного или глагольной основы, а окончание -ая — на женский род. Мужской вариант — Подлинный — встречается чаще, но и женская форма не является редкостью там, где фамилия бытует в родовом гнезде.

Географически фамилия Подлинная/Подлинный тяготеет к центральным и северным областям России, особенно к Архангельской, Вологодской и Костромской губерниям. В этих краях слово «подлинный» в значении «коренной, местный» было особенно употребительно. В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с прозвищем Подлинный, что подтверждает народное, а не книжное происхождение фамилии. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это типично крестьянская или мещанская фамилия, которая не попала в родословные книги, но сохранилась в быту.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь со словом «подлина» — так в некоторых говорах называли длинный шест или жердь. Если прозвище Подлинный дали высокому, долговязому человеку, то оно могло быть образовано от этой диалектной основы. Но эта гипотеза слабее, потому что значение «длинный» для слова «подлинный» не является общераспространённым, и в словарях оно не фиксируется как основное.

В отличие от множества фамилий на -ов/-ев, которые теряют связь с исходным словом, фамилия Подлинная остаётся прозрачной для носителя языка. Её носительница может с уверенностью сказать, что её предок был человеком, которого называли «подлинным» — либо за честность, либо за то, что он был коренным жителем этих мест. Это редкий случай, когда фамилия не требует расшифровки, а лишь уточнения контекста.