Фамилия Подлиняев образована от прозвища Подлиняй. В её основе лежит глагол «подлинять» — в говорах это означало «подкрасться», «подойти незаметно», «подобраться тайком». Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, отличался скрытностью, умением действовать исподтишка или, напротив, был осторожным и тихим, умел незаметно появиться. В некоторых диалектах «подлинять» имело и более конкретный смысл: «подкараулить», «выследить», что могло относиться к охотнику или рыболову, подбиравшемуся к добыче.

Словообразовательная модель фамилии — суффикс -ев, присоединённый к основе прозвища Подлиняй. Это типичный патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: Подлиняев буквально означал «сын Подлиняя». Форма на -ев, а не на -ов, объясняется тем, что основа оканчивается на мягкий согласный (й). Такие фамилии характерны для северных и центральных русских областей, но точная география бытования Подлиняева не привязана к одному региону — фамилия редкая и встречается разрозненно.

В ономастической литературе фамилия не упоминается среди массовых, что делает её ценной для локальной истории. У неё нет вариантов с другим суффиксом (Подлиняев — единственная распространённая форма), что говорит о позднем закреплении прозвища в качестве фамилии, вероятно, уже в XVIII–XIX веках. В отличие от фамилий, образованных от церковных имён (Иванов, Петров), Подлиняев — «мирская», прозвищная, и её носители вряд ли принадлежали к духовенству или дворянству; скорее всего, это были крестьяне или мещане. Родственные фамилии — Подлинев, Подлинкин — встречаются ещё реже и имеют другую семантику (от «подлина» — подкладка, основа).