Фамилия Подольнер — редкий пример фамилии, образованной не от названия города или профессии, а от этнонима с суффиксом, который встречается в основном у еврейских фамилий. Основа здесь — «Подол» или «Подолье», историческая область на юго-западе современной Украины. Суффикс «-ер» в таком контексте типичен для фамилий на идише и немецком языках (ср. Берлинер, Варшавер): он указывает на выходца из определённого места. Таким образом, Подольнер — это «человек с Подолья», уроженец Подольской губернии или региона Подолии.

Словообразовательная модель прозрачна: к географическому названию «Подолье» (или «Подол») прибавили суффикс принадлежности. В отличие от славянских фамилий на «-ский» (Подольский) или «-ин» (Подолин), которые тоже означают «из Подолья», суффикс «-ер» выдаёт иную языковую среду. Фамилии такого типа активно складывались в XIX веке, когда еврейское население Российской империи получало обязательные фамилии. Чиновники часто давали фамилии по месту жительства или происхождения, и Подольнер мог закрепиться за человеком, который переехал из Подольской губернии в другую местность или просто жил в городе Подоле (исторический район Киева).

Иногда фамилию путают с немецкой фамилией Подольнер, где «-нер» — стандартный немецкий суффикс, обозначающий профессию или жителя. Однако в славянском контексте основа «Подол» не даёт внятного профессионального значения (нет ремесла «подольщик»). Поэтому версия с этнонимом и географией — основная и наиболее правдоподобная.

Встречается фамилия в основном в записях конца XIX — начала XX века на территории Украины, Беларуси и в черте оседлости. В современной России она редка, но встречается у потомков переселенцев из тех регионов. Сословной привязки у фамилии нет: её могли носить и мещане, и крестьяне, и ремесленники — важно лишь место выхода.

Известных носителей с фамилией Подольнер в публичном поле почти нет, что делает её типичной для «малых» фамилий, не попавших в энциклопедии. Но именно такие фамилии часто хранят точную привязку к конкретному региону: Подольнер почти наверняка означает, что предок жил на Подолье или в Подоле, и фамилия стала его пожизненным географическим паспортом.