Фамилия Подольняя — редкий пример фамилии, образованной не от географического названия, а от прозвища, которое со временем застыло в форме прилагательного женского рода. Вопреки первому впечатлению, она не связана напрямую с городом Подольск или исторической областью Подолье. Её основа — слово «подол», которое в русских говорах имело два основных значения: либо нижняя часть женской одежды, юбка, либо низкое место у реки, пойма.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Суффикс -яя — это окончание полного прилагательного в именительном падеже единственного числа женского рода (как «крайняя», «дорожная»). В старину такие формы часто закреплялись за женщинами по мужу: жена Подольнего становилась Подольней. Но фамилия могла остаться и за мужчиной, если в документах её записали со слов «вдова Подольняя» или «Матрёна Подольняя», а затем передали детям без изменения. Поэтому носитель мужского пола с такой фамилией — не ошибка писаря, а живое свидетельство того, что фамилия прошла через женскую линию или была зафиксирована в женской форме.

Вероятнее всего, прозвище Подольний (или Подольной) давали человеку, который жил в низине, в подоле у реки, или тому, кто носил длинную, до полу, одежду, — например, крестьянину, работавшему в грязи, или, наоборот, щёголю, волочившему полы. В словаре Б. Унгабегана упоминаются фамилии типа Подольский, Подольный, но форма Подольняя встречается реже и указывает на южнорусское или украинское влияние: в этих говорах окончание -яя в фамилиях сохранялось дольше, чем в северных.

Географически фамилия тяготеет к Курской, Белгородской и Воронежской областям, а также к востоку Украины — регионам, где фамилии на -ий/-ый часто переходили в -яя при записи женщин. Сословно предки Подольних были, скорее всего, крестьянами или однодворцами, и фамилия возникла не в дворянской среде, а в быту, из практической меткой клички. Других версий — от тюркского корня или от имени Подол — нет, они не подтверждаются ни фонетикой, ни историей расселения.