Фамилия Погонкин — редкий случай, когда корень слова почти наверняка указывает на конкретную деталь одежды, но не на военную, а на крестьянскую. Вопреки возможной ассоциации с офицерскими погонами, прозвище Погонка, от которого пошла фамилия, относилось к плечевой нашивке или лямке на крестьянской одежде — например, на армяке или зипуне. Так могли прозвать человека, который носил одежду с заметными, необычными погонами, либо того, кто сам их шил или чинил. В некоторых говорах «погонкой» называли и перевязь, поддерживающую сумку или котомку.

Фамилия образована по стандартной русской модели: прозвище Погонка + суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» — сын Погонки. Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а/-я, и в этой фамилии он указывает на прямое родство с прозвищем. Интересно, что фамилия Погонкин практически не встречается в южных и западных регионах России, где преобладали фамилии на -ов/-ев. Её ареал — северные и центральные области, прежде всего Архангельская, Вологодская, Костромская, где суффикс -ин был основным.

Встречается также вариант написания Погонькин, который может указывать на происхождение от глагола «погонять» — то есть прозвище Погонька могли дать человеку, который подгонял лошадей или работал погонщиком. Однако это менее вероятно: в говорах слово «погонка» закрепилось именно за деталью одежды, а «погонька» — за действием. Скорее всего, мы имеем дело с двумя разными корнями, которые случайно совпали по звучанию.

В словаре Б. Унбегауна фамилия Погонкин не упоминается, что подтверждает её локальный, недворянский характер. Носители фамилии — потомки крестьян или ремесленников, связанных с пошивом одежды. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что делает её особенно ценной для семейного поиска: каждый носитель — самостоятельная ветвь, не заслонённая громкими предками.