Фамилия Покакаева — женская форма редкой русской фамилии Покакаев. В мужском варианте она звучит как Покакаев, и именно с неё стоит начинать разбор.

Основа фамилии — прозвище Покакай. В русских говорах слово «покакать» означает «покапризничать», «поплакать без причины» или «покричать» (о ребёнке). В некоторых диалектах «какать» — не детское слово, а «пачкать», «марать». Соответственно, Покакаем могли назвать либо капризного, плаксивого человека, либо неряху, который часто пачкался. В любом случае, прозвище носило бытовой, описательный характер — так нарекали за заметную черту поведения или внешности.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ев присоединялся к основе на -й (Покакай → Покакаев). Такая модель характерна для фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -й (сравните: Балалайкин, Лентяев). Притяжательное значение здесь не прямое («чей?» — Покакаев), а скорее родовое: «из рода того, кого звали Покакай».

Географически фамилия редкая. По данным современных переписей, носители Покакаевых встречаются в основном в Поволжье, особенно в Самарской и Ульяновской областях, а также в некоторых районах Урала. Это указывает на возможное происхождение из среды бывших государственных или помещичьих крестьян, где прозвища были особенно живучи и нередко закреплялись в качестве фамилий.

Сложность в том, что фамилия Покакаева может восприниматься как неблагозвучная из-за созвучия с современным детским словом. Но для носителей XVII–XIX веков такого значения не было: «какать» в значении «испражняться» стало общеупотребительным только в XX веке, а в старых говорах это слово имело другие смыслы. Поэтому версия о «неприличной» основе — анахронизм, который не подтверждается исторической ономастикой.

Таким образом, Покакаева — фамилия, сохранившая в своей основе редкое диалектное прозвище. Её носители — потомки людей, которых в деревне прозвали за капризный нрав или неопрятность, и это прозвище закрепилось за родом на поколения.