Фамилия Покандюк — редкий случай, когда исходное прозвище почти не поддаётся однозначному толкованию, но сама модель образования просматривается чётко. Суффикс -юк типичен для западноукраинских и белорусских фамилий, особенно в Волынской, Ровенской, Тернопольской областях, а также на юго-востоке Польши (Холмщина, Подляшье). Он выполняет ту же роль, что и -ов/-ев в великорусских фамилиях: указывает на родство, чаще всего на сына: Покандюк — «сын (или потомок) Поканды».

Основа Поканд- — главная загадка. В украинской и польской лексике нет слова «поканда» или «поканд» в прямом значении. Можно предположить два пути. Первый: искажённое или диалектное прозвище от глагола «пока́ндати» — в некоторых говорах так могли сказать о человеке, который ходит вразвалку, неуклюже, «кандыбает». Второй вариант: фамилия могла возникнуть от имени Покан (Покань) — уменьшительной формы от православного имени Поликарп (через Поликан → Покан) или от канонического Ипполит (в просторечии Полит, Покан). В таком случае Покандюк — это «внук Покана», с наращением -д- для благозвучия (сравните: Иван → Иванюк, но Покан → Покандюк). Эта версия выглядит правдоподобнее, поскольку имена-основы с суффиксом -юк — самый массовый источник фамилий в регионе.

Социально фамилия относится к крестьянским или мещанским: в Речи Посполитой, а затем в Российской империи суффикс -юк редко встречался у шляхты, зато был распространён среди свободных селян и казаков. Географически Покандюк — фамилия локальная: по данным современных телефонных справочников и баз, её носители сосредоточены в западных областях Украины (Волынь, Хмельнитчина) и среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В XIX веке встречались варианты написания Покандюк и Поканюк — в метрических книгах записывали на слух, и буква «д» могла то появляться, то исчезать.

Если отталкиваться от прозвищной версии, то первый Покандюк мог получить имя-характеристику за манеру ходьбы — такие «говорящие» прозвища давали без злого умысла, просто для узнавания в деревне. Но с учётом распространённости модели «имя + -юк» надёжнее считать, что в основе лежит крестильное имя, пусть и в сильно сокращённой форме. Спор этот вряд ли разрешится без обнаружения ранних письменных фиксаций XVI–XVII веков, которых пока нет в открытых источниках.