Основой фамилии Покидин послужило мирское имя Покида. Имя Покида связано с глаголом «покидать». Известно, что однокоренные имена существовалм в Древней Руси: так, в одном из письменных источников упоминается Покид Дмитриевич Кученев, живший в конце XVI века в Рязани. Так имя Покид могли дать ребенку в надежде, что он не будет «покинутым», то есть не станет сиротой. Возможно также, что фамилия Покидин произошла от прозвища Покида. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Покида, со временем получил фамилию Покидин.