Основой фамилии Покидко послужило мирское имя Покид. Имя Покид связано с глаголом «покидать». Известно, что однокоренные имена существовали в Древней Руси: так, в одном из письменных источников упоминается Покид Дмитриевич Кученев, живший в конце XVI века в Рязани. Существует несколько версий относительно значения этого именования. Так, имя Покид могли дать ребенку в надежде, что он не будет «покинутым», то есть не станет сиротой. Возможно также, что фамилия Покидко произошла от прозвища Покид. Суффикс -ко- содержит указание на восточно-украинское происхождение фамилии. Так, в Книге памяти Магаданской области упоминается Покидко Владимир Владимирович, родившийся в 1945 году в Львовской области.