Основой фамилии Покидько послужило мирское имя Покид. Имя Покид связано с глаголом «покидать». Известно, что это имя существовало на Руси, так например, в одном из источников упоминается Покид Дмитриевич Кученев, живший в конце XVI века в Рязани. Так имя Покид могли дать ребенку, чтобы он не был «покинутым», то есть, чтобы он не стал сиротой. Возможно также, что фамилия Покидько произошла от прозвища Покида. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Покид, со временем получил фамилию Покидько.