Фамилия Покидкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Покидкин послужило мирское имя Покидка. Имя Покидка этимологически связано с глаголом «покидать». Известно, что однокоренные имена существовали в Древней Руси: так, в одном из письменных источников упоминается Покид Дмитриевич Кученев, живший в конце XVI века в Рязани. Так, имя Покидка могли дать ребенку в надежде, что он не будет «покинутым», то есть не станет сиротой. Возможно также, что фамилия Покидкин произошла от прозвища Покида. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Покидка, со временем получил фамилию Покидкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Покидкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Покидкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.