Фамилия Покулин — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидная основа. В отличие от массы фамилий на -ин, образованных от крестильных имён (Иван — Иванов, Ильин), здесь корень почти наверняка нецерковный.

Наиболее вероятная версия — происхождение от прозвища Покула. В русских говорах слово «покула» означало «порок», «изъян», «упрек», а также «клевета» или «наговор». Прозвище могли дать человеку язвительному, любящему «покулить» — то есть ославить, опорочить кого-то. В этом случае фамилия Покулин — отчество второго порядка: «чей?» — Покулин, то есть сын Покулы. Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному лицу, что типично для северных и центральных областей России.

Есть и более прозаическая, но менее убедительная гипотеза: связь с глаголом «покуливать» — «прихрамывать» или «ковылять». В некоторых диалектах «покулый» означало хромой, кривой на одну ногу. Тогда Покулин — сын хромого человека. Однако слово «покула» как «упрек» встречается в памятниках письменности чаще, чем ходячее прозвище хромого, поэтому первая версия выглядит весомее.

Фамилия редкая. В дореволюционных переписях она фиксируется в основном в Поволжье и на Вятке — регионах, где сохранились архаичные диалектные слова. Встречаются написания с двойной буквой: Покуллин, но это, скорее, описки или случайное удвоение.

Однокоренных фамилий немного: Покулов, Покулаев. Покулин стоит особняком — у него нет популярного «двойника» на -ов, что косвенно подтверждает локальный характер прозвища.

Социальный состав носителей, судя по архивным данным XIX века, — в основном государственные крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Фамилия не получила распространения за пределами России, что делает её своеобразным маркером русского Севера.