Фамилия Покутня сразу привлекает внимание своим окончанием -ня, которое для русских фамилий нехарактерно. В русской модели фамилия на -ня — редкость, гораздо чаще такие формы встречаются у украинских фамилий, особенно в западных регионах. На это указывает и основа «покут-», которая прямо отсылает к исторической области Покутье — региону на юго-западе современной Украины, в предгорьях Карпат, с центром в городе Коломыя (ныне Ивано-Франковская область). Таким образом, фамилия Покутня — это типичное украинское прозвище, ставшее фамилией, означающее «житель Покутья» или «выходец из Покутья».

Словообразовательная модель проста: от географического названия «Покутье» (или «Покуття» по-украински) с помощью суффикса -н(я) образовано прозвище Покутня — «тот, кто с Покутья». Суффикс -ня в украинской ономастике нередко придаёт слову оттенок принадлежности или характерности, ср. аналогичные фамилии: Бортня, Дроботня, Сотня. В данном случае он выполняет функцию идентификации по месту жительства или происхождения. Версия, что фамилия могла произойти от прозвища, связанного со словом «покута» (раскаяние, покаяние), менее вероятна: такое значение не дало бы устойчивого прозвища для целой семьи, а вот указание на родину — самый распространённый способ образования фамилий у восточных славян.

Исторически Покутье было территорией с пёстрым этническим составом: здесь жили украинцы, поляки, евреи, армяне. Фамилия Покутня могла возникнуть как у крестьян, так и у мещан, но в любом случае она указывает на корни её носителей именно в этом карпатском регионе. В документах XIX — начала XX века такие фамилии часто встречаются в метрических книгах Галичины, особенно в окрестностях Коломыи, Городенки, Снятина. В России фамилия Покутня редка и, скорее всего, принадлежит семьям, переселившимся с запада Украины в советское время или в результате миграций.

Стоит заметить, что ударение в фамилии, судя по украинскому произношению, падает на второй слог: Поку́тня. В русском языке иногда смещают ударение на первый слог, но это искажает исходное значение. Однокоренные фамилии — Покутько, Покутский — встречаются чаще, но Покутня сохраняет более прямую связь с местом, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска: если вы носите эту фамилию, ваши предки почти наверняка родом с украинского Покутья.