Фамилия Полигушко — редкая, и её разговорная, почти шутливая форма сразу выдаёт прозвищное происхождение. В основе лежит украинское или южнорусское слово «полига» — так в некоторых говорах называли несерьёзного, ветреного человека, того, кто «полигает», то есть порхает по жизни, не задерживаясь на одном деле или месте. Суффикс -ушк- в украинской антропонимии выполняет роль уменьшительно-ласкательного или, чаще, пренебрежительного: он превращает характеристику в фамилию-прозвище, которое давали с оттенком иронии или насмешки.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа «полиг-» плюс суффикс -ушк- и окончание -о, типичное для украинских фамилий (сравните: Голушко, Кривушко). Такие фамилии обычно закреплялись за человеком не по имени отца, а по его поведению или внешности. Вероятнее всего, предок носителя этой фамилии получил прозвище Полига или Полигушка за непоседливость, легкомыслие или склонность к пустым обещаниям — и это прозвище со временем стало наследственным.

В официальных документах XIX века фамилия почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании, скорее всего, в западных или центральных областях Украины. В России она могла появиться в результате миграций, но осталась единичной. Интересно, что однокоренные фамилии — Полигаев, Полиганов — встречаются чаще, но они образованы по другой модели (с суффиксом -ев), что указывает на адаптацию прозвища в русской среде. Полигушко же сохранило исходную украинскую огласовку и суффикс, что делает его ценным свидетельством народной словообразовательной игры.