Фамилия Поликина — одна из тех, где женская форма распространена куда шире мужской, хотя в основе лежит мужское имя. В большинстве случаев исходной точкой было просторечное Полика, а оно, в свою очередь, — сокращение от канонического имени Поликарп (греческое «плодородный»). В русской народной среде имя Поликарп резали на слух: Поликей, Поличка, Полика. От последнего и пошла фамилия Поликин, а Поликина — это его форма, отвечающая на вопрос «чья?», то есть «жена или дочь Поликина».

Но есть и другой, менее очевидный путь. В некоторых говорах «полика» — это не имя, а диалектное прозвище. Например, в архангельских и вологодских краях так могли назвать человека, который «поликует» — суетится, мельтешит без толку, или, наоборот, того, кто любит «поликать» — кричать, звать громко. В этом случае фамилия приросла не к имени, а к черте характера или поведению, и тогда её носитель — потомок не Поликарпа, а просто бойкого или шумного человека.

Суффикс -ин указывает на древнюю притяжательную модель: Поликин сын. Такие фамилии в XV–XVII веках были типичны для крестьян и посадских людей Северной Руси, особенно в Новгородской и Вятской землях. В переписных книгах XVII века можно встретить крестьян Поликиных в Белозерском уезде и на Вологодчине — это согласуется и с диалектным значением прозвища.

Что касается ударения, то в фамилии Поликина оно плавающее: в центральных областях чаще говорят Поли́кина, а на Севере и в Сибири — Поликина́, по аналогии с другими фамилиями на -ина, где ударение падает на окончание. Оба варианта равноправны, и это не ошибка, а живая интонация языка.