Фамилия Полковский — типичный представитель «географического» пласта русских фамилий на -ский. Такие фамилии в массе своей возникли в среде духовенства и дворянства в XVII–XIX веках и указывали на место, откуда человек родом или где служил. В основе почти наверняка лежит топоним: село, деревня или местечко с названием Полково, Полковка, Полковое. Подобных названий на карте бывшей Российской империи немало: например, Полково есть в Рязанской области, Полковка — в бывшей Подольской губернии. Священник или дьячок, получивший фамилию при поступлении в семинарию, брал её по названию родного прихода — отсюда и Полковский.

Менее вероятна, но возможна связь с прозвищем Полк или Полковник. В русских говорах «полк» могло означать не только воинское подразделение, но и толпу, ватагу, скопление людей. Прозвище Полк давали человеку шумному, многолюдному в доме или, наоборот, тому, кто водил за собой людей. Однако суффикс -ский в таком случае работал бы иначе: от прозвища Полк скорее образовали бы Полков, Полкин, а Полковский — это уже «выходец от Полка», то есть из села Полково. Поэтому версия с топонимом выглядит убедительнее.

Суффикс -ский в этой фамилии — не просто украшение. Он указывает на принадлежность к местности, и в XVIII–XIX веках такие фамилии считались более «благородными», чем простые -ов/-ев. Поэтому Полковские могли быть не только из духовного сословия, но и из мелкопоместных дворян, получивших фамилию по своему имению. Встречается она и у потомков казаков: в реестрах Войска Запорожского попадаются Полковские — возможно, по названию сотенного местечка.

Искать носителей фамилии стоит в центральных и южных губерниях России, а также на Украине. В польском варианте (Polkowski) фамилия встречается чаще — у поляков суффикс -ский вообще самый распространённый, и Полковские там могли вести род от шляхтича, владевшего фольварком Полково. Русская ветвь, скорее всего, имеет либо семинарское, либо служилое происхождение, но в любом случае — корни уходят в конкретное село, которое когда-то дало фамилию своему уроженцу.