Фамилия Полойникова — женская форма фамилии Полойников, и её разговорный вариант (на -а) в быту почти вытеснил мужской. В центре внимания здесь не суффикс, а корень, который ставит исследователя перед выбором: «полой» или «полойник»?

Самая прямая версия — от слова «полойник». В русских говорах так называли половник, большую разливательную ложку, а также — человека, который разливает еду, то есть раздатчика пищи в артели или на общем столе. Фамилия могла закрепиться за поваром или за тем, кто ведал продовольствием в крестьянской общине. Подтверждение находим в словаре Б. Унбегауна: фамилии от названий кухонной утвари не редкость (Ложкин, Ковшиков), и Полойников вписывается в этот ряд.

Есть и вторая версия, менее бытовая, но лингвистически интересная. Корень «полой» в старых диалектах означал «заливной луг» или «пойма» (от глагола «полоть» — заливать водой). В некоторых областях «полойник» — это человек, живущий у полоя, на сырой, заливной земле. Такое прозвище давали крестьянину, чьи угодья каждую весну затапливало, или тому, кто пас скот на пойменных лугах.

Суффикс -ов- (в мужской форме) указывает на типичную модель русских фамилий второй половины XVII–XIX века: прозвище + -ов. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и географически она тяготеет к южнорусским и центральным областям, где слово «полой» в значении «залив» было в ходу. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: носители, вероятно, родом из одного или нескольких соседних уездов.

Спор между «поваром» и «луговиком» решается в пользу первого: прозвища по профессии давали чаще, чем по месту жительства, а «полойник» как «черпак» — слово, зафиксированное в словаре Даля и хорошо известное в народной речи. Так что предок Полойниковых, скорее всего, кормил людей, а не косил траву на заливных лугах.