Фамилия Полойников — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от типичных «профессиональных» фамилий вроде Кузнецов или Плотников, здесь приходится разбираться в диалектной лексике и старых прозвищах.

Скорее всего, в основе фамилии лежит слово «полой» или «полая». В русских говорах «полой» — это заливной луг, низина, затопляемая водой, или же сама заводь, пойма реки. Человек, живший у такого места, мог получить прозвище Полойник. Суффикс -ник в этом случае указывает на принадлежность к местности или характерный признак: «тот, кто живёт у полоя». Соответственно, Полойников — «сын Полойника» или «из рода Полойниковых». Такая модель образования (основа + -ник + -ов) встречается, но не так часто, как простая основа на согласный.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «полой» означало не только луг, но и нечто пустотелое, полое внутри. Прозвище Полойник могли дать человеку с впалым животом, сутулому или, наоборот, болтливому (пустому). Однако географическая привязка к пойменным лугам кажется более надёжной, потому что такие прозвища часто закреплялись за крестьянами по месту жительства.

Фамилия явно недворянская и не семинарская (у неё нет книжного суффикса -ский). Это типичная крестьянская или посадская фамилия, возникшая не раньше XVII века, когда у простых людей начали массово появляться родовые имена. Сейчас Полойниковых мало, и встретить их можно в основном в центральных и северных областях России, где сохранилась старая лексика, связанная с речными поймами.

Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Полойников стоит к Полойникову, Полуянову (от имени Полуян) — но здесь корень другой. А вот Полойников и Полойников — это, скорее всего, варианты написания одной и той же фамилии, так как в дореволюционных документах «ой» и «ый» могли путать.