Фамилия Полиников — редкий пример, когда корень слова не сразу бросается в глаза. На первый взгляд кажется, что в основе лежит «полин» или «полина», но это не так. Ключ к разгадке — суффикс -ик-. В русских фамилиях он часто указывает на уменьшительную или обиходную форму имени или прозвища. Полиников значит «сын Полиника», где Полиник — это народная, разговорная версия крестильного имени Поликарп (от греческого «поликарпос» — «многоплодный»). В быту Поликарпа могли звать Полином или Полиником, а его потомки получали фамилию Полиников.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с профессией. В некоторых говорах «полик» или «полин» называли часть печи, припечек или половик. Однако, учитывая, что фамилия образована по модели отчества (суффикс -ов), версия с личным именем Полиник (от Поликарп) выглядит убедительнее. Фамилии на -иков обычно возникали от имён или прозвищ на -ик, а не от названий предметов.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, где имя Поликарп было распространено. Встречается она нечасто, что говорит о её происхождении из одной или нескольких семей, где имя Полиник передавалось как родовое прозвище. В писцовых книгах XVII века можно найти упоминания крестьян и посадских людей Поликарповых, но форма Полиников — более поздняя и локальная, возникшая уже в XVIII–XIX веках, когда фамилии окончательно закрепились.

Отдельного внимания заслуживает ударение. В фамилии Полиников оно чаще всего падает на второй слог — ПолИников, что отличает её от возможного созвучия с женским именем Полина. Это ещё один аргумент в пользу того, что основа — Полиник, а не Полина. Если бы фамилия происходила от имени Полина, она звучала бы как Полинин.