Фамилия Полудницина — женская форма, а её мужской вариант — Полудницин. В основе редкий и очень конкретный корень «полудница». Так в некоторых русских говорах называли полуденный зной или, что вероятнее, мифологический персонаж — полудницу. В славянских поверьях полудница — дух полудня, чаще всего в образе женщины в белом, которая карала работающих в поле в самый жар. Прозвище Полудница могли дать человеку, который работал или гулял в полдень, когда все отдыхали, либо тому, кто родился в это время. Но есть и бытовая версия: в некоторых регионах «полудницей» называли и просто полуденный отдых или обед, а «полудничать» — обедать. Тогда прозвище могло относиться к человеку, связанному с обеденным временем — например, работнику, который носил обед в поле, или тому, кто славился плотным обедом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Полудницин — сын Полудницы. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я. Фамилия встречается нечасто, географически привязана в основном к центральным и северным регионам России, где сохранялись диалектные слова. Встречается также вариант Полудницын, но написание через «и» более распространено в документах XIX–XX веков.

Редкость фамилии говорит о том, что её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких близких родов, а не из массового крестьянского прозвания. Возможно, предок был известен в своей деревне именно этим прозвищем, которое закрепилось за его потомками. В сословном плане — почти наверняка крестьяне или мещане, так как дворянские фамилии с таким корнем не фиксируются. Сравните с однокоренными фамилиями Полуднев, Полуденный — они встречаются чаще и тоже связаны с полуднем, но Полудницин стоит особняком из-за мифологического оттенка.