Фамилия Полухонова — женская форма фамилии Полухонов, и её редкость сразу бросается в глаза. Если вы ищете её значение, первое, что нужно понять: в русской ономастике нет «полухон» как отдельного слова. Основа фамилии — скорее всего, искажённое или диалектное прозвище, а не прямое указание на занятие или место.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Полухонов — сын или потомок человека по прозвищу Полухон. Само прозвище могло возникнуть из двух частей: «полу-» (половина) и корня, связанного с глаголом «хать» или «ховать» (в некоторых говорах — «прятать», «хранить»). В таком случае Полухон — человек, который что-то прятал наполовину, не до конца, или же, в переносном смысле, недоговорчивый, скрытный. Однако это лишь гипотеза, так как прямых аналогов в старых словарях прозвищ нет.

Более правдоподобная версия — фамилия происходит от личного имени или прозвища Полухон, которое могло быть вариантом имени Полиевкт или Поликарп, сокращённого в народной речи до Полуха, Полухоня. Подобные усечения — обычное дело для русских фамилий (ср. Полунин от Полуня). В этом случае фамилия теряет «половинчатый» смысл и становится просто отчеством от уменьшительной формы канонического имени.

География фамилии узкая. Основные очаги — южные регионы России, особенно Ростовская область и Краснодарский край, а также отдельные сёла Воронежской и Волгоградской областей. Встречаемость крайне низкая: по данным переписей, носителей фамилии Полухонов (и Полухонова) насчитывается не более нескольких сотен человек на всю страну. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в одном конкретном роду или небольшой локальной группе, возможно, среди казачества — там часто бытовали прозвища с необычными суффиксами.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Полухин, Полухов) показывает, что основа «полух-» в принципе редка. Если Полухин образовано от имени Полуха (усечение от Полуэктович), то Полухонов — более редкая форма с суффиксом -онов, что может указывать на более позднее или диалектное происхождение. В любом случае, перед нами фамилия, которая сохранила в себе забытое прозвище или редкое имя, и её носители — потомки, скорее всего, одного предка из южнорусских земель.