Фамилия Полушкин в большинстве случаев восходит к мужскому имени Полушка — краткой, обиходной форме канонического имени Полиевкт. В переводе с греческого оно означает «долгожданный», и именно эта версия выглядит основной: в русской традиции имена такого типа (Полиевкт → Полушка) сокращали до неузнаваемости, а отчество от такой домашней формы и закреплялось за потомками. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Полушкин — это «сын Полушки», и фамилия отвечала на вопрос «чей?».

Менее правдоподобна версия, связывающая фамилию с прозвищем Полушка от названия самой мелкой монеты — полушки, половины деньги. Но у этого слова были и другие, неденежные значения, которые стоит учитывать. В тамбовских говорах полушкой называли «два крестца, две бабки снопов в поле, полкопны», а в костромских — меру земли, которая делилась на копейки, денежки и полушки. Если прозвище и существовало, то могло относиться либо к очень бедному человеку, у которого за душой ни полушки, либо, наоборот, к тому, кто владел крошечным наделом земли, измеряемым в полушках. Однако для прозвищного происхождения фамилии таких следов в документах меньше, чем для имени Полиевкт, поэтому версия с каноническим именем предпочтительнее.

Одно из ранних упоминаний фамилии относится к концу XVI века: в исторических документах записан Полушкин Константин, попович, 1585 год, Псков. Это говорит о том, что фамилия уже тогда бытовала в северо-западных русских землях и не была связана с каким-то одним сословием — попович, сын священника, носил её как обычное родовое прозвание. Сама фамилия звучит по-русски просто и естественно, поэтому неудивительно, что она встречается в разных регионах, а её носители, скорее всего, не связаны единым предком: имя Полушка было распространено, и в каждом роду оно могло возникнуть независимо.