Фамилия Помараев — редкий случай, где этимологический тупик может быть интереснее очевидного корня. На первый взгляд основа просится в моряки: «поморай», человек с Поморья. Но это фонетическая ловушка. Устойчивые фамилии от географических названий образуются через суффикс -ский (Поморский, Поморцев), а не через -аев. К тому же ударение в Помараеве падает на последний слог, а в «поморе» — на первый. Значит, ищем другое.

Вероятнее всего, в основе лежит прозвище Помарай. В диалектах русского языка «помарать» — запачкать, испачкать, сделать что-то небрежно. Помараем могли назвать неаккуратного человека, неряху или того, кто работает «на глазок», без тщательности. Суффикс -ай характерен для прозвищ от глагольных форм: ломай, стреляй, хватай. Такие прозвища закреплялись за людьми с яркой бытовой характеристикой.

Менее вероятная, но лингвистически допустимая версия — из тюркских языков. В некоторых тюркских наречиях «бумара» или «помара» означает «порча», «убыток». Прозвище Помарай могли дать человеку, который приносил неудачу в делах или торговле. Однако эта гипотеза слабее: фамилия не встречается в регионах с сильным тюркским влиянием, а её ареал — центральные русские области.

По модели образования Помараев — типичная патронимическая фамилия на -ев от прозвища на -ай. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на мягкую или шипящую основу (Помарай → Помараев). Встречается вариант написания Помараев с одной «а» — это орфографическая норма, не меняющая смысла.

Социальный состав носителей, судя по архивным данным XIX века, — крестьяне и мещане северных и центральных губерний (Вологодская, Костромская, Ярославская). Никаких дворянских родов Помараевых не зафиксировано. Фамилия редкая, нечастотная, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Помараев, ваша родословная, скорее всего, компактна и прослеживается в одном-двух уездах.