Фамилия Помарин — одна из тех, где на первый взгляд очевидное значение оказывается не единственным. Самое прямое объяснение лежит на поверхности: основа «помар» от глагола «помарать» (испачкать, сделать помарку). В этом случае Помариным могли прозвать неаккуратного человека, писателя, который часто исправлял написанное, или же того, кто занимался черновой, «грязной» работой — например, маляра или красильщика. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Помари» или «из семьи Помары».

Однако есть и другая, менее очевидная версия, которую поддерживают некоторые ономасты. Фамилия могла возникнуть от диалектного слова «помара» — в некоторых говорах так называли человека, который любит «марать» (долго возиться, медлить). В этом случае прозвище носило бытовой, а не профессиональный характер и давалось медлительному или задумчивому человеку.

Географически фамилия Помарин встречается в основном в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает её русское происхождение без иноязычных вкраплений. В отличие от фамилий на -ов, модель на -ин чаще характерна для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я, что как раз и даёт нам слово «Помара».

Сравнение с однокоренными фамилиями — Помаров, Помарков — показывает, что Помарин стоит особняком: она не от имени Марк и не от уменьшительной формы «Помарка» (от имени Поликарп), а именно от глагольного корня. Поэтому версия с «помарать» выглядит предпочтительнее — она проще и логичнее вписывается в систему русских прозвищ, которые часто давались по поведению или занятию.