Фамилия Помер — редкий случай, когда основа не скрывается за суффиксами, а стоит в чистом виде. Это короткая, «неоформленная» фамилия, которую не причесали типовыми окончаниями -ов, -ев или -ин. Такие фамилии в русском языке встречаются реже и часто указывают на позднее закрепление прозвища в качестве фамильного имени либо на нерусское происхождение носителя.

Самый прямой путь к значению — слово «помер» как форма глагола «помереть» (умереть). В диалектах и просторечии XIX века «помер» означал покойника, умершего человека. Прозвище Помер могли дать по мрачному, болезненному виду, либо по случаю из жизни: например, ребенку, родившемуся после смерти отца или в тяжелый год. В русской традиции такие «охранительные» имена иногда давали, чтобы обмануть нечистую силу — назовут мертвецом, авось не тронет.

Вторая версия, менее мрачная, но тоже правдоподобная: отчество от прозвища Помера — так в некоторых западных и южных говорах называли человека, который «померял» (мерил) землю или ткани. В таком случае основа та же, что и в слове «мера», но с приставкой по-. Помер — это землемер, мерщик. Версия слабее, потому что глагол «померять» обычно давал фамилии вроде Померов, а не чистую основу.

Словообразовательно фамилия уникальна отсутствием суффикса. В русском ономастиконе такие формы (Крив, Глух, Помер) — остатки древней модели, когда прозвище становилось фамилией без изменений. Чаще всего это встречалось в среде казачества, однодворцев и на Русском Севере, где фамилии закреплялись позже и проще.

Географически фамилия Помер не привязана к одному региону, но единичные записи встречаются в переписях Воронежской и Саратовской губерний, а также среди старообрядцев. В польском и немецком языках слово «Pomer» существует как топонимическое (от Померании), но для русской фамилии это маловероятно — слишком разные ареалы бытования.

Спор между версиями решается просто: прозвище от «помереть» исторически документировано в русских писцовых книгах (XVII век), а «землемерная» гипотеза не подтверждена ни одним словарём русских фамилий. Поэтому с высокой долей вероятности предок носителя фамилии Помер получил её по трагическому или охранительному поводу, а не по профессии.