Фамилия Пономраев — один из тех случаев, где народная этимология сталкивается с книжной, а прозрачный корень оказывается ловушкой. На первый взгляд, основа «пономра» намекает на мрак, тьму, «пономрачиться» — то есть задуматься, стать мрачным. Но в русской ономастике за этим словом стоит совершенно конкретная профессия, искажённая диалектным произношением.

В основе фамилии лежит прозвище Пономарь, которое давали церковнослужителю — пономарю. В народной речи слово часто редуцировалось: «пономарь» превращалось в «пономар», «панамарь» и даже «пономра». Ударение смещалось, а в южнорусских и украинских говорах «а» после мягкого «р» могло переходить в «я», давая форму «пономря». Отсюда и фамилия Пономраев — через патронимический суффикс -ев, означающий «сын пономаря» или «потомок того, кого звали Пономра».

Версия о связи с «мраком» (от слова «морок») маловероятна. Она возникла из-за созвучия, но не подтверждается историческими документами: в переписных книгах XVII века встречаются Пономаревы, Пономари, а Пономраевы — это уже местная фонетическая запись той же фамилии. Например, в писцовых книгах Рязанского края фиксировались крестьяне с прозвищем Пономра, что прямо указывает на церковную должность.

Интересно, что фамилия Пономраев почти не встречается в северных и центральных регионах России. Основной ареал — южные области (Курская, Воронежская, Ростовская) и Украина, где «аканье» и смягчение согласных дали такую форму. В современных справочниках, например в словаре Б. Унбегауна, Пономраев рассматривается как вариант фамилии Пономарёв, возникший в результате диалектной трансформации.

Таким образом, предок носителя фамилии Пономраев с высокой вероятностью был церковным служителем низшего чина — пономарём. Это не священник, а помощник, звонарь или сторож при храме, человек из простонародья. Фамилия не дворянская и не купеческая — она указывает на сословие духовенства, но на его нижнюю ступень, откуда многие выходили в крестьяне или мещане.