Фамилия Попенака звучит необычно для русского уха, и это прямое указание на её происхождение: она украинская или белорусская. В основе лежит не имя, а прозвище Попенак, которое образовано от слова «поп» (священник) с помощью характерного для западнорусских земель суффикса -енак/-еняк. Этот суффикс в украинском и белорусском языках часто придаёт слову оттенок принадлежности или свойства: Попенак могло означать «сын попа», «попович» или даже «человек, похожий на попа» — например, носивший длинные волосы или имевший важный вид.

Географически фамилия тяготеет к центральной и западной Украине, а также к югу Беларуси. В России она редка и встречается в основном среди потомков переселенцев с этих территорий. Интересно, что украинская фамилия Попенко (с суффиксом -енко) распространена гораздо шире, а Попенака — более локальный вариант, сохранивший архаичную модель образования. В польском языке есть схожая фамилия Papieniak, что подтверждает возможность её происхождения с земель, входивших в Речь Посполитую.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии Попенака не был священником, а получил прозвище по отцу или по роду занятий. В крестьянской среде «попом» могли назвать грамотного человека, писаря или того, кто пел в церкви. Есть и менее правдоподобная версия — от диалектного глагола «попенять» (упрекнуть), но она объясняет только звучание, а не типовую словообразовательную модель фамилии.

Сословно носители фамилии относились к крестьянам или казакам — в реестрах Войска Запорожского встречаются прозвища с корнем «поп-». Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Сегодня фамилия сохраняется в основном на Украине, в Киевской и Житомирской областях, а также в диаспоре. Известных публичных носителей нет, что делает её хорошим маркером локальной семейной истории.