Фамилия Портоненко с первого взгляда кажется очевидной: корень «порт-» наводит на мысль о море, гавани или портовом городе. Однако в украинской ономастике, к которой фамилия принадлежит по суффиксу, всё не так прямолинейно.

Суффикс -енко — типичный украинский патронимический формант, означающий «сын» или «потомок». Он образует фамилии от личных имён, прозвищ или названий профессий. В данном случае основа — Портоненко — сама по себе является сложной. Скорее всего, перед нами не прямой отсыл к «порту», а производная от прозвища Портон или Портоня.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным или старым украинским словом «порт» (в значении «кусок ткани», «полотно», «одежда», а также «парус»). В говорах юго-западной Руси «порты» означали штаны, а «портошник» — портного. Тогда Портоненко — это «сын Портона», а Портон — человек, связанный с шитьём, торговлей тканями или, в редком случае, с парусным делом (если предок жил на Днепре или Чёрном море). Корень «порт-» в значении «одежда» дал множество фамилий: Портнов, Портянкин, Портупеев.

Менее вероятна, но не исключена версия о географическом происхождении. Если предок жил в местечке с названием вроде Портоны (гипотетическое село) или был выходцем из итальянского Порто (например, Порто-Торрес), то фамилия могла быть образована по той же модели: «из Порто» → Портоненко. Однако для украинских земель такая прямая привязка к итальянскому топониму без посредничества польского или молдавского влияния маловероятна.

Фамилия редкая. Она не встречается в массовых списках казацкой старшины или шляхты, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Носители Портоненко, скорее всего, были ремесленниками (портными, ткачами) или людьми, получившими прозвище за манеру одеваться. В современной Украине фамилия фиксируется в центральных и восточных областях, что косвенно подтверждает её связь с бытовым ремеслом, а не с морскими профессиями, которые были бы часты на юге.