Фамилия Потопа — одна из тех, где школьная морфология даёт сбой. Если разложить её на части, получится корень «топ-» и приставка «по-», а суффикса, привычного для русских фамилий (-ов, -ин, -ский), нет. Это не ошибка, а признак того, что фамилия фиксирует прозвище в чистом виде, без патронимического оформления. Такие случаи редки и обычно указывают на позднее закрепление фамилии или на то, что прозвище было настолько ярким, что не потребовало суффиксального «причесывания».

Семантика прозвища прозрачна, но неоднозначна. В русских говорах «потопа» — не только действие (наводнение, потоп), но и человек: неуклюжий, тяжелый на подъем, либо тот, кто постоянно «тонет» в делах или пьет. В северных и сибирских диалектах слово могло означать «беда», «напасть». Второй возможный корень — глагол «топать»: «потопа» как «топотун», человек с тяжелой походкой. Обе версии сводятся к прозвищу по поведению или внешности, а не по профессии.

Географически фамилия встречается точечно, без выраженного гнезда. По данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГС, носители Потопы живут в основном на юге России — в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Беларуси. Это наводит на мысль, что фамилия могла быть украинской или белорусской по происхождению: в этих языках форма «Потопа» (от «потопати» — затопать, пойти) встречается чаще, чем в русском литературном.

Социальный контекст фамилии — скорее крестьянский или мещанский. Без суффикса -ский она вряд ли принадлежала дворянскому роду. В ревизских сказках XVIII–XIX веков подобные «чистые» прозвища часто давали беглым крестьянам или солдатским детям, когда фамилию записывали со слов самого человека, не прибавляя родового окончания.

Сравнение с однокоренными фамилиями Потопов, Потопин, Потопчин показывает, что Потопа стоит особняком. Все они образованы по стандартной модели (суффикс + окончание), а Потопа — словно застывший снимок прозвища. Это может означать, что предок носителя получил фамилию не от отца, а от земляков или начальства, и она закрепилась в той форме, в какой её произносили в быту.