Основой фамилии Потопахин послужило мирское имя Потопаха. Нецерковное имя Потопаха восходит к слову «потопаха»: так в ярославских говорах называли топтунчика, дитя, едва начинающего ходить, топать. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Потопаха, со временем получил фамилию Потопахин.