Фамилия Примагин — редкий случай, когда корень слова не лежит на поверхности. В ней слышится что-то латинское или романское, но на деле это чисто русская фамилия, образованная по стандартной модели с суффиксом -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Примагин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Примага.

Самая вероятная версия связывает основу с глаголом «примать» — диалектным вариантом «принимать». В южнорусских и украинских говорах «примага» означало приёмыша, то есть ребёнка, взятого в семью на воспитание, или зятя, принятого в дом жены («примака»). Человек с таким прозвищем мог быть либо приёмным сыном, либо мужем, который жил в доме тестя. Прозвище давали не в насмешку, а по бытовому укладу: в крестьянской среде примачество было распространённым явлением, особенно в малоземельных регионах.

Менее убедительная версия выводит Примагина от имени Прима, которое могло быть сокращением от церковного Примитив (от лат. primitivus — «первый, первоначальный»). Однако эта гипотеза слаба: имя Примитив в святцах есть, но в народном обиходе оно почти не встречалось, а фамилий на -агин от него не зафиксировано. Скорее всего, это попытка подогнать редкую основу под благозвучное латинское слово.

Интересно, что фамилия Примагин практически не встречается за пределами России. По данным современных телефонных справочников, основные очаги — Центральная Россия и Поволжье, что совпадает с ареалом диалектного слова «примага». В украинских фамилиях тот же корень дал форму Примак, а у русских — Примагин, с типичным для севера и центра суффиксом принадлежности.

Фамилия не дворянская и не купеческая — её носители, скорее всего, были крестьянами или однодворцами. Прозвище Примага не несло негативного оттенка, а просто фиксировало семейное положение или историю появления человека в общине. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища встречаются в писцовых книгах, но конкретных носителей фамилии Примагин в открытых источниках до XIX века не прослеживается — это говорит о её локальном и позднем оформлении.