Фамилия Прохорушкина образована от мужского имени Прохорушка — уменьшительно-ласкательной формы канонического крестильного имени Прохор. В святцах это имя греческого происхождения, означающее «запевающий в хоре» или «предводитель хора». В русской народной среде имя Прохор никогда не было редкостью, а его краткие и ласковые варианты — Проша, Прохорка, Прохорушка — давали начало множеству фамилий.

Модель образования типична для русского Севера и центральных регионов: суффикс -ушк- придаёт основе уменьшительно-ласкательный оттенок, а фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность. Фамилия Прохорушкина буквально значит «дочь (или жена) Прохорушки». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у потомков по мужской линии, форма на -ин могла закрепиться и за женщиной, и за мужчиной, но в основе всегда лежит именование по отцу или мужу.

Интересная деталь: фамилия Прохорушкина — редкий случай, когда в основе сохранилась именно трёхсложная уменьшительная форма, а не односложная Проша или Прохорка. Это говорит о том, что прозвище или домашнее имя предка звучало именно как Прохорушка, без дальнейшего усечения. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Прохорушка, но в качестве фамилии эта форма закрепилась нечасто.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и северо-восточным областям России. В переписных книгах Казанской и Вятской губерний изредка попадаются Прохорушкины — вероятно, потомки тех, кто носил имя Прохорушка в качестве неофициального, бытового имени. В дворянских родословных эта фамилия не фиксируется, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение.

Сегодня носительницы фамилии Прохорушкина встречаются в основном в центральной России и Зауралье, но численно она остаётся малораспространённой. Для этимолога она интересна тем, что сохранила архаичную модель именования с двойным уменьшительным суффиксом — редкость даже на фоне других «уменьшительных» фамилий.