Фамилия Проньина — женская форма фамилии Проньин, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени или прозвища Проня. Чаще всего Проня — это сокращённая форма одного из крестильных имён: Прокофий (от греческого «преуспевающий»), Прохор (от греческого «запевающий в хоре») или Пров (от латинского «честный, добрый»). Такие усечения были обычны в русской деревне: Ивана звали Ваня, Дмитрия — Митя, а Прокофия — Проня.

Модель образования фамилии стандартна для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность. Проньин — значит «сын Прони», а Проньина — дочь или жена Проньина. В документах XVII–XVIII веков встречаются записи крестьян и посадских людей с этим прозвищем, например, в переписных книгах Новгородского уезда.

Есть и другая, менее распространённая версия: Проня могло быть не только сокращением от календарного имени, но и самостоятельным мирским прозвищем. В русских говорах «проня» иногда называли пронырливого, ловкого человека, того, кто «пронырнет» в любое дело. Если это так, то фамилия несла в себе характеристику предка — не столько имя, сколько оценку его характера.

Географически фамилия Проньины наиболее плотно представлена в Поволжье и на Урале, а также в Рязанской области. Встречается она и в других регионах, но заметно реже. Интересно, что форма Проньина с ударением на первый слог (Прóньина) встречается в южных говорах, тогда как в литературной норме ударение чаще падает на второй слог (Про́ньина) — разница, которая может указывать на диалектную среду, где фамилия возникла.