Фамилия Пронькинова образована от имени Пронька — так в старину в быту называли человека, носившего одно из крестильных имён. Какое именно — сказать трудно, потому что уменьшительная форма Пронька подходила сразу к нескольким каноническим именам: Прокл («минувшая слава»), Прокопий («опережающий, преуспевающий»), Протасий («передовой, первый») и Прохор («запевала, руководитель хора»). Все они греческого происхождения, и в повседневной речи различия между ними стирались.

Скорее всего, основатель рода Пронькиновых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. В этой среде полные церковные имена почти не использовали — их заменяли короткими домашними формами, которые затем закреплялись за потомками. Суффикс -ов в фамилии указывает на традиционную модель отчества-притяжательности: Пронькинов буквально значит «сын Проньки». Примечательно, что форма с двойным суффиксом — Пронькинов, а не более распространённое Пронькин — встречается реже и может говорить о позднем оформлении фамилии или о влиянии местного говора, где такие усечённые формы удлиняли для благозвучия.

Имя Пронька не было редкостью в документах XVI–XVII веков. Оно встречается в писцовых книгах и челобитных, где фигурируют крестьяне и посадские люди с этим прозвищным именем. Со временем потомки человека по имени Пронька получили фамилию Пронькиновы, и она закрепилась за их родом. Сегодня фамилия встречается нечасто, что делает её носителей обладателями довольно редкого родового имени, сохранившего память о далёком предке, которого домашние звали просто Пронькой.