Фамилия Пронота — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет распространённого суффикса -ов или -ин, а окончание -а указывает на то, что перед нами, скорее всего, не русифицированная форма, а застывшее прозвище или имя, которое перешло в фамилию без изменений. В русской традиции такие фамилии встречаются реже и часто имеют южное или западнорусское происхождение.

Корень «Пронот-» может восходить к греческому слову «пронота» (πρόνοτα) — «провидение», «промысел», «забота». В Византии этим термином обозначали государственную должность или земельное пожалование за службу. Фамилия могла попасть в Россию через греческое духовенство или выходцев с Балкан. В таком случае предок носителя фамилии мог быть либо священником (например, служить в храме, посвящённом Промыслу Божию), либо чиновником, связанным с управлением.

Вторая версия — славянская, от глагола «проноти» или «проныти» (в диалектах — «прокиснуть», «пропитаться»). Тогда фамилия образована от прозвища Пронота, которое могли дать человеку с кислым, ворчливым характером или, наоборот, тому, кто занимался квашением продуктов. Эта гипотеза менее вероятна: слово не зафиксировано в широком употреблении, а суффикс -ота в прозвищах встречается редко.

Географически фамилия Пронота встречается в основном на юге России и Украины, единичные записи есть в Беларуси. В дореволюционных метрических книгах она не частотна, что говорит о её локальном бытовании. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, крестьянская или мещанская — фамилия не дворянская и не купеческая.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что фамилия Пронота — это греческое по происхождению прозвище или имя, связанное с понятием «провидение», которое закрепилось за родом через церковную или административную службу.