Фамилия Пронюкова — женская форма фамилии Пронюков, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Пронюк. В основе лежит имя или прозвище Проня, которое является народной, сокращённой формой от нескольких крестильных имён: Прокопий, Прокл, Прохор, а иногда и Протасий. Уменьшительно-ласкательный суффикс -юк (характерный для украинских, белорусских и южнорусских говоров) превращает Проню в Пронюка — «сын Прони» или «маленький Проня». Таким образом, Пронюков — это буквально «потомок Пронюка», а Пронюкова — его дочь, жена или вдова.

Модель образования фамилии — типичная для восточнославянской ономастики: суффикс -ов/-ев присоединяется к основе прозвища или имени на согласный. В данном случае основа «Пронюк» даёт «Пронюков». Важно, что конечный суффикс -юк указывает на регион происхождения: такие фамилии чаще всего встречаются на западе и юге России, в Белоруссии и на Украине. Если бы фамилия формировалась в центральных или северных областях, скорее всего, использовался бы суффикс -ин (Пронюкин) или -ский.

Прозвище Проня само по себе могло быть не только производным от церковного имени, но и иметь бытовой, ироничный оттенок. В некоторых говорах «проня» означало «пройдоха», «ловкач», «хитрец» — человека, который «пронырливый» (от глагола «пронырнуть»). В этом случае фамилия отражает не столько имя, сколько характер или поведение предка. Обе версии имеют право на существование, но первая — от крестильного имени — более распространена и надёжна, так как в основе лежит реально зафиксированная в документах XVI–XVII веков форма Проня.

С географической точки зрения, фамилия Пронюков не является редкой, но и не входит в число массовых. Её можно встретить в Орловской, Курской, Белгородской областях, а также на Кубани и в Ростовской области — то есть там, где исторически смешивались русские, украинские и белорусские переселенцы. В дореволюционных переписях носители фамилии значились преимущественно крестьянами и мещанами, никаких аристократических ветвей не обнаружено.

В написании фамилии возможна путаница: иногда встречается вариант Пронюкова с ударением на второй слог (Пронюкова), хотя этимологически правильнее ударение на суффикс — Пронюкова. В документах XIX века можно найти и форму Пронюковъ, что не меняет сути.