Фамилия Проскуненков образована от прозвища Проскуненок. Основа здесь — Проскун-, а суффикс -енок (в современном написании -ёнок) — редкий и показательный. В русской ономастике суффикс -ёнок (и его варианты -онок, -еня) традиционно указывал на молодое существо: детёныша животного или, что важнее для фамилий, сына. Человек по прозвищу Проскуненок — это буквально «сын Проскуна». Финальное -ов превратило отчество в фамилию: Проскуненков = сын Проскунёнка.

Корень Проскун- — самый сложный для толкования. Вероятнее всего, он восходит к слову «проскун» (или «проскуна»), которое в русских говорах могло означать плаксу, нюню, человека, который «проскулит» — то есть постоянно скулит, жалуется. Сравните с диалектным «проскулить» — провыть, проскулить от боли или обиды. Прозвище Проскун давали капризному или обидчивому ребёнку либо взрослому, который часто ныл. Менее убедительна, но возможна связь с «проск» или «проска» — в некоторых говорах так называли просвет в облаках, проталину, но для прозвища это значение слишком отвлечённое.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным областям России, где суффикс -ёнок в фамилиях встречается чаще, чем на севере. Например, в Тульской, Орловской, Курской губерниях фамилии на -ёнков (Бочёнков, Козлёнков) были обычным явлением. Проскуненков — типичный пример такой модели: прозвище отца (Проскун) → отчество сына (Проскунёнок) → фамилия внука (Проскуненков). По сословной принадлежности носители фамилии почти наверняка были крестьянами или однодворцами — низшие сословия чаще всего образовывали фамилии по этой схеме.

Сравните с однокоренными, но редкими фамилиями: Проскунов (от той же основы, но без уменьшительного суффикса) и Проскурин (от «проскура» — просвира, церковный хлеб; это совсем другая история). Проскуненков стоит особняком — он хранит в себе не только имя предка, но и прозвище, за которым угадывается живой характер: может, не самый весёлый, но запоминающийся.